学习笔记

distfun = dist, hclustfun = hclust,

reorderfun = function(d, w)reorder(d, w),

add.expr, symm= FALSE, revC= identical(Colv, "Rowv"),

scale= c("row", "column", "none"), na.rm= TRUE,

margins= c(5, 5), ColSideColors, RowSideColors,

cexRow= 0.2 + 1/log10(nr), cexCol= 0.2 + 1/log10(nc),

labRow= NULL, labCol= NULL, main= NULL,

xlab= NULL, ylab= NULL,

keep.dendro= FALSE, verbose= getOption("verbose"), ...)

其中括号中的都是可调整的参数，初步统计了一下，至少包含 23 项参数，但是每一次绘制热图时，其实只需要部分参数即可完成绘图。参数中比较重要的参数是：

x, 需要绘图的矩阵

Rowv 决定“行系统树图”是否以及如何被计算和重新排序，其默认值为空；

Colv 决定“列系统树图”是否或如何被从排序。如果x是一个方矩阵（行列数相同），那么 Colv=Rowv表示着列与行的处理方式相同。

scale = c("row", "column", "none")，按照行或列进行归一化

na.rm = TRUE，移除缺失值

另外，以上没有提到的参数是颜色，可用参数 col=。

x, 需要绘图的矩阵

Rowv 决定“行系统树图”是否以及如何被计算和重新排序，其默认值为空；

Colv 决定“列系统树图”是否或如何被从排序。如果x是一个方矩阵（行列数相同），那么 Colv=Rowv表示着列与行的处理方式相同。

scale = c("row", "column", "none")，按照行或列进行归一化

na.rm = TRUE，移除缺失值

另外，以上没有提到的参数是颜色，可用参数 col=。

以下我们通过一个简单的案例来尝试一下。

Case: 将 50 名 NBA 球星的数据绘制成热图

案例来源：http://flowingdata.com/2010/01/21/how-to-make-a-heatmap-a-quick-and-easy-solution/

#首先要获得数据，直接用read.csv导入具有逗号分隔符的表格

nba