部门是组成整个脑叶公司设施的区域，用于收容异想体、安放职员并以不同方式来增益整个设施。游戏内总共有10个完全不同的部门。

每个部门都有5点开放进度。开放进度越大，这个部门的开放程度就越大，能容纳的异想体和职员数量也就越大。一个新开放的部门的开放进度为 1，只能容纳 1个异想体，3个员工，2个文职。每当该部门的开放进度增加 1 点，它能多容纳 1个异想体，1个员工，2个文职。当一个部门开放进度达到 5 时，该部门会达到完全开放，此时该部门最多容纳 4 个异想体，5 个员工和 10 个文职。每天开始时，主管将会选择一个部门来开放一个新部门，或者扩充一个未达到完全开放的部门，让其开放进度增加 1，同时主管当天选择的异想体会在主管选择的部门出现。如果该部门达到最多收容的异想体数，这个异想体将会在主管选择一个没达到最多收容异想体数的部门出现。

每个部门都有三个独特的科技，主管可以通过完成该部门部长Sephirah提供的任务来解锁这些科技，来让主管管理设施更加容易。当主管完成他的一个任务后，主管可以从三个科技里挑选一个来解锁并解锁他的下一个任务。当主管完成一个Sephirah的所有任务且该Sephirah的所有核心抑制条件均满足时，会解锁这个Sephirah的抑制核心。抑制核心完成后，主管将会获得永久性的奖励（不会因开始新周目而消失，除非格式化存档；详见抑制核心页面）

在未解锁控制部科技“联合指挥”的情况下，员工只能对他所在部门的异想体进行工作或者镇压。(解锁控制部科技“联合指挥”后员工可跨部门工作或镇压异想体。）

各部门的文职会根据本部门的文职存活率来为设施内所有员工提供加成，且各部门的文职加成有所不同。文职加成总共分为3个等级，等级越高，加成效果越好。

文职死亡或陷入恐慌会降低文职存活率。文职存活率越低，加成等级就越低。如果某一部门的文职全部死亡，那么该部门的文职加成就会消失。

无论部门的开放等级如何，解锁的文职数量是否已经达到10，文职加成中的文职总量永远按照10名计算。因此，主管在刚刚开放一个部门的时候并不能完全获取该部门的3级文职加成。

中央本部的一区和二区被视为一个部门，因此，中央本部的文职总量将按照20名计算，而非一般部门的10名。

在某一部门连续工作指定时间的员工，会成为该部门的常驻员工。常驻员工会被授予特殊的头衔，臂章和常驻加成，且各部门的常驻加成有所不同。一旦某个部门的常驻员工被分配到了另一个部门，那么常驻效果就会消失。

各部门连续工作时间最长的3级常驻员工将成为该部门的精英，精英会被授予特殊的称号和臂章，并能享受到额外的常驻加成。

虽然中央本部的一区和二区各被视为独立的部门，但中央本部只会有一名精英员工。