GROMACS Molecular Dynamics & GPU Acceleration

1.–resethway： 在每次模拟开始时，GROMACS 会调整区域分解并均衡可用 CPU 与 GPU 之间的负载。这会降低前几百次迭代的速度。由于实际模拟会运行很长时间，因此这不会对已实现的性能产生任何影响。要最大限度地缩短基准测试时获取稳定结果所需的运行时间，应指定选项 –resethway。当执行的迭代次数达到一半时，-resethway 会重置所有性能计数器，因此可以在没有很多时间步长的情况下测量实际性能。请注意，在运行开始阶段，PME 负载均衡器仍处于活动状态时，如果进行了重置，可能会显示以下错误“尝试在步长 xxxxxxx 重置 mdrun 计数器时 PME 调整仍然处于活动状态”。为了避免出现此错误，您可以增大所使用的 -maxh 或添加 -nsteps 参数，通过增大模拟的时间步长数来增大运行时间步长数。

2.-maxh： 用于控制模拟应运行的最长时间。mdrun 执行足够的时间步长，以确保运行时间不少于指定时间（小时）。此选项应设置为足够高的值，以便获得稳定的性能结果。合理值通常为 5 分钟 = 0.08333。此选项或下文说明的“nsteps”选项可用于限制模拟的运行时间。

3.–noconfout： 此选项用于禁用可能会花费大量时间（例如，在并行文件系统上）的 confout.gro 输出。由于实际模拟中极少完成此输出，因此应在基准测试期间将其禁用。

4.–v： 向命令行及生成的日志文件 md.log 中输出更多信息。所包含的信息对于调整 GROMACS 的性能非常有用。

5.–nb： 此选项用于告知 GROMACS 使用“gpu”还是“cpu”进行特定计算

6.–nsteps： 要运行的时间步长数。此选项会覆盖 mdp 文件中的默认值。它还可用于代替 maxh 控制模拟运行的总体时间。

性能会显示于所生成的日志文件 (md.log) 结尾以及控制台输出中，单位为“纳秒/天”（值越大越好）。 

请访问 GROMACS 文档页面 以获取有关命令行参数的更多详细信息。