在既往文章中,我们对孟德尔随机化研究做了一个简单的介绍。我们可以发现,使用TwoSampleMR包做出来的森林图并不是很美观。今天我们使用R语言forestploter包优雅的绘制孟德尔随机化研究森林图。 使用TwoSampleMR包做出来的森林图是这样的 而很多SCI文章中的森林图是这样的 我们今天来做个上图这样的森林图,使用的是《R语言复现一篇6分的孟德尔随机化文章》的数据,这篇文章作者直接提供了数据,所以我就直接拿来用了。作者分析了很多精神病和骨密度的结果,这里我就取精神分裂症和骨密度结果来分析 我们构造森林图的大概格式如下,所以我们要按下图构造数据表格 这一步只能手工做,没什么好办法,不过也没花几分钟,样本量可以在网站上找,做好大概就是下图这样。公众号回复:孟德尔森林图,可以获得这个数据。 咱们先来导入数据看一下 这样的格式和我们绘图格式还有点差别。我们还需调整一下,还有个问题就是95%CI这里的上线区间和下限区间是连在一起的,我们要把它分开提取出来,需要用到一点点非常简单的正则式小知识。使用正则式需要使用stringr包,我们先把95%ci单独提出来
library(stringr)
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