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欢迎关注”生信修炼手册”! 在mirdeep软件的分析结果中,会提供miRNA前体的二级结构,这个结果实际上是通过调用RNAfold来实现的,该软件是一个经典的预测RNA二级结构的软件,网址如下 http://rna.tbi.univie.ac.at//cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi 官网提供了在线服务,只需要上传fasta格式的序列即可,示意如下 默认参数会输出以下两种二级结构 1. optimal secondary structure最佳二级结构,保证对应的自由能最小,最小自由能简称MFE, 结果示意如下 2. centroid secondary structure自由能表征改变这个结构需要注入的能量大小,对应的数值越小,该结构越稳定。 同时给出了可视化结果,示意如下 这个程序也是可以下载到本地运行的,基本用法如下 RNAfold < hsa.hairpin.fa -noPS > precursors.str-noPS参数代表不产生二级结构对应的postscript文件,这种文件可以转换为PDF格式,产生的str文件内容如下 >hsa-let-7a-1 UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA (((((.(((..((((((((((((((((...(((.....))).((....))....))))))))))))))))..)))))))) (-35.60)采用dot-bracket表示法标记二级结构,上述用法只给出了最佳的二级结构预测结果和对应的自由能。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号,更多精彩内容等着你! |
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