ChIP

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转录因子或表观遗传标记可能作用于按共同生物学特征（共享生物学功能、RNAseq 实验中的共同调控等）分组的特定基因组。

ChIPseq 分析中的一个常见步骤是测试常见基因集是否富含转录因子结合或表观遗传标记。

精心策划的基因集的来源包括 GO 联盟（基因的功能、生物过程和细胞定位）、REACTOME（生物途径）和 MsigDB（计算和实验衍生）。

可以对具有与其相关联的峰的基因集执行基因集富集测试。在这个例子中，我们将考虑峰值在基因 TSS 1000bp 以内的基因。

我们不会在测试中直接访问这些数据库库，但会使用广泛使用它们的其他 R/Bioconductor 库。

要在这里执行基因集测试，我们将使用 clusterProfiler 包。clusterProfiler 提供多种富集函数，允许将您的基因列表与已知（例如 GO、KEGG）或自定义基因集进行比较。

在这个例子中，我们使用我们发现与 Myc 峰重叠的所有 TSS 站点。落在 TSS 区域的峰将在我们带注释的 GRanges 对象的注释列中标记为“启动子”。

我们可以通过对带注释的 GRanges 进行子集化并从 geneId 列中检索基因名称来提取 TSS 中具有峰的基因的唯一名称。