差异基因分析不会做？最简单的火山图做法，一秒学会

最近很多刚了解生信的同学问喵学姐：看了一些文献，文献里的各种图怎么看呀，完全看不懂。今天喵学姐就来给大家讲一讲我们平时做的最基础的差异分析——火山图

火山图（Volcano plot）是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p-value）和变化幅度相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（代谢物等）。是一种单变量统计分析方法，常应用于研究基因组、转录组、代谢组、蛋白质组等数据分析。

⌈火山图长啥样？⌋

先给大家看看最最最常见的一种，基础款：

有的人可能觉得，这不就是高级一点的散点图+三根虚线+花里胡哨的颜色吗？

NO NO NO，火山图可不光只有上面那一种，

⌈火山图有啥用？⌋

分析数据用散点图表示看不大明白？

想要表现数据间有统计学意义的明显差异？

我们给散点图换个样子，分区划线做成⌈火山图⌋优势这不就来了？

火山图是生信文章中最常见的表达图，它最直观的作用就是展示组间差异的物质。

比如找到肿瘤细胞跟正常细胞的差异基因，或是研究疾病组跟正常组之间的差异表达基因情况。

绘制火山图通常需要两个关键指标，

①差异倍数Fold Change值

②假设检验P值

⌈火山图怎么看？⌋

用之前讲过的一篇非肿瘤思路文献来举例，：4分＋非肿瘤纯生信，GEO数据集+铁死亡+cytoscape调控网络+miRNA+转录因子

这张图展现了精神分裂组与正常组之间的差异表达基因，

其中每个点代表一个基因。

蓝色的点代表显著下调的基因，红色的点代表显著上调的基因，而灰色的点就表示无显著差异的基因。

那我们怎么去判断它是显著上调还是显著下调呢？

这就涉及到两个坐标轴，

② 横坐标Log2  (Fold Change)

② 纵坐标-log10 (P value)

横坐标为log2FC值即差异倍数值。表示两个分组之间的差异倍数，其绝对值越大说明某基因在两组之间的表达差异也越大。该值为正时，表示差异上调；该值为负时，表示差异下调。

纵坐标为-log10（P-value）值，表示某个基因在比较分组之间的表达差异是否足够显著，一般认为p-value