【单细胞测序】cellchat详解，v1.1.3（20210814更新版本），单个对象的分析

上次写细胞间相互作用：cellchat的时候文章还没有见刊，cellchat的文章在今年二月的时候已经成功在NC发表了（Jin, S., Guerrero-Juarez, C.F., Zhang, L. et al. Inference and Analysis of cell-cell communication using CellChat. Nat Commun 12, 1088 (2021). https://doi.org/10.1038/s41467-021-21246-9）。

文章发表的时候，对应的版本更新到了1.0.0，这个时候的版本与去年刚发布的版本就已经有了很多不一样。

随着版本在4月26号更新到1.1.0，作者在github也更新发布了多个保姆级tutorial，非常建议前往github看原作者的tutorial。

目前最新版本为：August 14, 2021 (Version 1.1.3)

#创建对象

通过createCellChat创建cellchat对象。

        object, 当前版本的cellchat允许用户使用不同类型的输入，包括normalized表达矩阵，Seurat对象，和SingleCellExperiment对象。

        meta, 创建对象时可以直接将已有的meta信息加载进去，也可以后续用addMeta去加。

        group.by, 可以预设meta信息中某一列为细胞分类。

比如已有Seurat对象PBMC，其中包含meta信息，且细胞类型的列名为cellType，的时候可以这么创建：

cellchat