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Lobster计算COOP和COHP(以IrO2为例)

2024-06-17 20:05| 来源: 网络整理| 查看: 265

写在最前面COOP和COHP用来干嘛?

一句话:判断成键和反键轨道的状态,具体多看看文献家人们

Lobster的官网:http://www.cohp.de/ 龙虾程序是由Richard Dronskowski开发的。 由于表示波函数的希腊字母ψ和龙虾很像,因此程序的图标设计成了龙虾的样子 Lobster计算COOP和COHP(以IrO2为例) 目前最新版Lobster是4.1.0 写在前面:华东理工大学的超级计算机中心在运行Lobster时,由于centos系统内核较低,运算时会报错 (so sad,每次还得转运到自己的服务器上再来一遍)

极简安装,直接tar -zxvf 即可安装,cp lobster-4.1.0到./bin文件即可

lobster安装后自带多个计算例子和用户手册

Lobster计算COOP和COHP(以IrO2为例)

以VASP为例,cp实例中的lobsterin文件到你要计算的目录下,lobsterin里面的参数基本如下

Lobster计算COOP和COHP(以IrO2为例)

手册中都会具体写哪些是默认值,一般不需要调太多,

我一般会加上这个参数

cohpGenerator from 1.4 to 1.5 type A type B

其中A和B为要计算的原子,以金红石IrO2为例,其存在两种键长,可以判断不同键长的COHP

计算时候,先写好lobsterin文件,将已经优化好结构的CONTCAR复制为POSCAR,删除WAVECAR(不删除直接算会报错~具体因为什么我不知道),然后进行静态计算

NSW = 0

ISIF = 0

ISYM = 0

NBANDS =多少,如果不知道多少的话,可以先不写入这个参数,然后算完了以后运行lobster会自动告诉你,计算COHP最低需要多少bands. 再填一遍就好了。

生成的文件我主要看COHPCAR.lobster

打开以后里面的数据很多列,都代表什么意思呢?文档中是这样写的:

Lobster计算COOP和COHP(以IrO2为例)

实际的数据格式如下,以IrO2为例(本文所用的晶胞为根号2的supercell,为了和goodenough模型一致,详见(原创)关于如何准确计算IrO2态密度中的分轨道分布(复现一篇PRL))

Lobster计算COOP和COHP(以IrO2为例)

第一列为能量

第二列为全部原子对的pCOHP

第三列为第二列的积分

第四列为No.1原子对的pCOHP

第五列为第四列的积分

…..

以IrO2为例,计算得到的Ir-O键的COHP画图如下:

Lobster计算COOP和COHP(以IrO2为例)

对比一下一篇nc中计算的IrO2的COHP(Iridium metallene oxide for acidic oxygen evolution catalysis):

Lobster计算COOP和COHP(以IrO2为例)

完美~

 



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