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小编最近学习了关于NCBI数据上传的操作,今天给大家演示宏基因组原始数据上传NCBI的操作,宏基因组原始数据上传NCBI共分为三步,下面小编就为大家一 一讲解吧!希望对大家有所帮助~ 第一步申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进行注册或登录,操作如下: 如果你有NCBI账号可以直接登录 如果你没有NCBI账号,就可以进行注册操作 你可以选择以下注册平台进行注册 2.注册完成后,就可以进入NCBI页面啦~ 3.点击上传模块,开始申请编号操作啦! 点击我的提交 进入Biosample 点击新的提交 4.接下来填写提交者的基本信息(注意不要出现中文哦!) 5.点击继续按钮,选择释放日期和样本数量 6.选择样品的类型,小编这里以环境样品为例选择 7.填写表格数据,小编以下载Excel表格为例进行操作:
这里要注意,绿色为必填项,如果任何必填字段的信息不可用,请酌情输入“not collected”、“not applicable”或“missing”。蓝色为选填项,但至少填写一个,如果任何必填字段的信息不可用,请酌情输入“not collected”、“not applicable”或“missing”。黄色为非填项,可以不予填写。 8.当表格填写完成后,就可以把表格进行上传啦~ 如果你在上传表格后出现以下错误,就说明你的样本编号错了,解决方法一可以把样品编号加上大写的字母 解决方法二在表格最后一列添加如下问题: 9.问题解决完成后点击继续,检查一下信息是否正确,就可以进行提交,我们的第一步也算完成啦~ 第二步申请BioProject编号1.回到最初的提交页面 2.进入BioProject,开始我们的第二步,申请BioProject编号 点击新的提交 填写提交者基本信息,与之前填写的信息要一致(注意不能出现中文哦!) 3.选择项目类型,一般是选择原始序列读取 选择样本的示例范围 4.填写样本的目标 5.填写释放日期和样本的公开说明 6.填写BioSample编号 进入Biosample 点击申请编号对象 复制第一个编号 回到页面,粘贴复制的编号 7.编号填写完成后,点击继续到最后,检查信息是否填写正确后就可以提交啦!这样我们的第二步也完成啦~ 第三步申请SRA编号并上传原始数据1.回到最初的提交页面 2.进入SRA,开始申请SRA编号 点击新的提交 填写提交者信息与之前填写信息一致(注意不能出现中文哦!) 填写BioProject编号,回到提交页面 进入BioProject查看编号 复制编号后回到提交页面 进入SRA未完成的位置 将编号填写进去并选择释放日期,需与之前填写的释放日期一致
3.编号填写和释放日期选择完成后,点击继续,进行填写表格操作,小编依旧以下载的Excel表格为例进行操作。
打开下载后的表格进行填写 第一列填写BioSample编号 回到NCBI网页,返回至提交页面 进入Biosample查看编号 将查看的编号填写进表格第一列就行了 表格第二列可自行填写 表格第三列填写测序类型+某物种 表格第四列填写测序技术 表格第五列填写组学 表格第六列填写选择 表格第七列填写样品数量 表格第八列填写测序平台,这里小编以illumina平台为例 表格第九列填写 表格第十列填写样本说明 表格第十一列填写原始数据文件类型 表格第十二和十三列填写原始数据的文件名称 到这里表格就填写完成了,保存表格并上传 4.将原始数据上传到NCBI上 5.将原始数据上传完成后就可以点击提交 提交完成后可以回到提交页面查看提交状态哦~ 提交成功后等待1-2天时间会收到数据上传成功的邮件,至此我们的宏基因组原始数据上传就完成啦!有问题可以联系图图哦~ |
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