开放阅读框（open reading frames, ORFs）是什么？

ORF是分子生物学和生物信息学中的一个基础概念。ORFs的检测是在基因组序列中发现特定蛋白质编码基因的重要一步。orf中的o，或者说open，是指完整基因中用于蛋白质翻译的“开放”区域；而rf，也即reading frame，是指双链基因序列翻译至氨基酸时的6种可能性之一。

定义1：一个ORF是指一段能够被3整除的序列，并且包含起始密码子和1个终止密码子（start/stop）。 定义2：一个ORF是指一段能够被3整除的序列，以终止密码子为头尾（stop/stop）。 定义3：一个ORF是指一段被受体和供体的剪切位点所分隔的序列。

至于为何要选择定义2作为生信领域的最佳选择，请移步文末所列的参考文献[1]，有详细的解释。

orf与基因的关系 orf是完整基因序列的一部分，一个完整基因包括orf序列以及非编码序列。orf可作为一个潜在蛋白质编码基因的指示器，但是预测的orf并不一定是基因。例如，一个典型的细菌基因组中已注释基因的数目远低于ORFs数目，前者约103至104，而后者可达到104至105 [2]。很好理解，毕竟ORFs的数目只是统计的潜在的编码基因数目，stop codon与stop codon所包含的区域并不一定能对应已知基因，因此ORFs相较于已知注释基因会更多。

参考文献 [1] Sieber, P., Platzer, M., Schuster, S. 2018. The Definition of Open Reading Frame Revisited. Trends in Genetics, 34(3), 167-170. [2] Mir, K., Neuhaus, K., Scherer, S., Bossert, M., Schober, S. 2012. Predicting Statistical Properties of Open Reading Frames in Bacterial Genomes. Plos One, 7(9)

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