R语言ggboxplot

2023-07-18 11:59| 来源: 网络整理| 查看: 265

作者：白介素2 相关阅读： R语言ggplot2绘制箱线图R语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断 R语言生存分析03-Cox比例风险模型 R语言生存分析-02-ggforest R语言生存分析-01 ggpubr-专为学术绘图而生（二） ggstatsplot-专为学术绘图而生(一) 生存曲线 R语言GEO数据挖掘01-数据下载及提取表达矩阵 R语言GEO数据挖掘02-解决GEO数据中的多个探针对应一个基因 R语言GEO数据挖掘03-limma分析差异基因 R语言GEO数据挖掘04-功能富集分析

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image 载入数据 Sys.setlocale('LC_ALL','C') load(file = "F:/Bioinfor_project/Breast/AS_research/AS/result/hubgene.Rdata") head(data) require(cowplot) require(tidyverse) require(ggplot2) require(ggsci) require(ggpubr) mydata% ## 基因表达数据gather,gather的范围应调整 gather(key="gene",value="Expression",CCL14:TUBB3) %>% ## dplyr::select(ID,gene,Expression,everything()) head(mydata) ## 每个基因作为一个变量的宽数据创建带有pvalue的箱线图参考资料展示绘图细节控制 p % # 筛选TNBC数据 ggboxplot( x = "gene", y = "Expression", color = "gene",add = "jitter", palette = "nejm")+ stat_compare_means(method = "anova")+ # Add global p-value stat_compare_means(label = "p.signif", method = "t.test", ref.group = "CCL14") image.png 多基因分面

按另外一个变量分组比较

## 比较各个基因在TNBC与Normal表达 compare_means( Expression ~ group, data = mydata, group.by = "gene") # Box plot facetted by "gene" p

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